De la plage jusqu'au centre des Îles, coexistent différents types de milieux comme les dunes, les tourbières, les marais, les prés salés, les lagunes et la forêt. La flore la plus caractéristique de l'archipel se trouve dans les milieux dunaires, puisque ceux-ci couvrent 30 % de la superficie totale des Îles de la Madeleine. La dune est recouverte d'ammophiles à ligule courte qui retiennent le sable des dunes grâce à leurs rhizomes (tiges souterraines) et l'empêchent d'envahir et de combler les habitats situés à l'arrière comme les lagunes et les étangs.
On retrouve également des plantes comme la sabline faux-péplus, la gesse maritime, le caquillier édentulé, la smilacine étoilée, la camarine noire et la magnifique hudsonie tomenteuse, plante rare du Québec.
Les marais et les prés salés regorgent d'espèces de graminées comme les carex, les scirpes et les spartines. D'autres espèces comme les joncs de la Baltique, la glauce maritime, la salicorne d'Europe et la Limonie de Nash sont également présentes dans ce milieu.
Dans les tourbières, les étangs et les marais d'eau douce, il est possible d'observer une espèce appelée sphaigne. Il s'agit d'une plante dont les tiges croissent en hauteur, année après année, tandis que la base se décompose lentement, permettant ainsi à la tourbière d'évoluer. Les tourbières sont des lieux de prédilection pour certaines plantes insectivores : la sarracénie pourpre, le rossolis à feuilles rondes, la calopogon tubéreux et la Linaigrette à large gaine.
Le très bel iris versicolore pousse parfois en colonies denses dans les marais d'eau douce tout comme le trèfle d'eau, le Rubanier à gros fruits, la Potentille des marais et la kalmia à feuilles étroites.
La forêt, bien que peu développée, abrite une variété de plantes dignes d'intérêt. On y trouve les petits fruits suivants : cornouiller du Canada, streptope rose, gadelier glanduleux, ronce du mont Ida (framboisier). D'autres espèces comme le lédon du Groenland (thé du Labrador) le cypripède acaule (sabot de la vierge), la clintonie boréale, la maïthème du Canada, la linnée boréale et le monotrope uniflore se retrouvent dans ce milieu.
En été, pour le plus grand plaisir des yeux, les champs et les prairies, de même que le bord de la route, proposent une très grande variété de fleurs : marguerite blanche, bouton d'or, trèfle rouge, trèfle blanc, trèfle alsike, trèfle pied-de-lièvre, vesce jargeau, mélilot jaune, verge d'or, immortelle blanche, épilobe à feuilles étroites et orge agréable sont quelques-unes des plantes qui vous attendent.
L'exploration des milieux à des fins botaniques nécessite le plus souvent une initiation ou encore les services d'un guide compétent. Sinon, un ouvrage comme Plantes Sauvages du bord de la mer du Groupe Fleurbec peut être d'une grande utilité.