L'archipel comprend une douzaine d'îles, dont six sont reliées entre elles par d'étroites dunes de sable. Ce sont, du nord au sud, l'Île de la Grande Entrée, la Grosse Île, l'Île de la Pointe aux Loups, l'Île du Havre aux Maisons, l'Île du Cap aux Meules et l'Île du Havre Aubert.
Deux autres îles de superficie importante s'ajoutent à celles déjà mentionnées : l'Île d'Entrée, habitée et située à 10 km à l'est de Havre-Aubert et l'Île Brion, inhabitée et située à 16 km au nord de Grosse Île. Le village principal de chaque île porte le nom de l'île. Depuis le 1er janvier 2002, les îles sont réunies en deux municipalités : la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine et celle de Grosse-Île.
D'autres petites îles et îlots complètent le tableau : le Rocher aux Oiseaux, l'Île aux Loups Marins, l'Île aux Cochons, le rocher du Corps Mort et quelques autres encore.
