Le premier phare de l'Île d'Entrée est érigé en 1874. Il est détruit par la foudre en 1908, puis reconstruit deux ans plus tard. Le phare actuel, datant de 1969, est la troisième sentinelle maritime érigée sur cette île.
Le bâtiment illustre l'évolution architecturale de ce type de construction aux Îles de la Madeleine. Il est le seul phare de l'archipel construit en béton armé. La plupart des phares des îles sont en bois. Avec le phare du Borgot à l'Étang-du-Nord, reconstruit en matière plastique en 1987, le phare de l'Île d'Entrée figure parmi les exemples de phares les plus récents et modernes sur l'archipel. La structure est de plan hexagonal et élancée. Elle s'inspire d'un modèle plus ancien utilisé dans les années 1870 durant la première vague de construction de phares au Canada.
En 1988, le phare est automatisé ; son dernier gardien, John McLean, quitte alors ses fonctions. La famille McLean habite toujours à proximité du phare.
Ce phare est le premier que les visiteurs aperçoivent en approchant l'archipel à bord du traversier.